國立大學或國立大學法人的學費最便宜。不論科系，學費都一樣。公立大學的學費略高於國立大學。私立大學根據不同科系，收取不同學費。法學部和經濟學部的學費是國立大學的1.4倍，藝術學部是國立大學的2.3倍。齒學部的學費是國立大學的6.2倍。

以下所列的是國立大學法人入學年度需交的費用金額。（入學金和一年的學費合計）私立大學的具體學費請參照各個學校的介紹。

• 研究所（國立）：大約80萬日元
• 大學學部（國立）：大約80萬日元
• 短期大學：大約55萬日元
• 專門學校：大約100萬日元
• 語言學校：大約70萬日元
• 高中：大約2萬~30萬日元

國立大學有50％或100％的減免制度，但並非每個人都能申請。私立大學也有減免制度，但每所大學的減免率不同。如有些私立大學有留學生減免30％學費的制度。專門學校也會依照留學生人數實施學費減免制度，最多可減免50%。語言學校的學費減免制度不多，但若成績優秀或升學班的學生會有10~20%的學費減免。


住宿費因每個地區而不同。如東京、大阪一般來說每個月的房租就要5~6萬日幣以上；但同樣是大都市的京都、福岡的卻可以找到只有3~4萬日幣的房子。若是到北海道、沖繩或是東北地區，越是往土地寬的地方或鄉下，房租可能只需２萬日幣。若能住進學校宿舍，房租可以減少３分之２到一半左右。

生活費主要都是花費在伙食費上，這項費用跟地區的不同沒有很大的差異。一般外食，一餐都約500~1000日幣左右。一般公寓都建有廚房，留學生大多都是自己在家料理。若自己料理，一餐可能只需200~300日幣。

※2003年11月日本國際教育協會（現在的日本學生支援機構）的調查顯示：日本全國外國留學生一個月的平均生活費（包括學費）是128,000日元。其中東北地區最低為98,000日元。關東地區最高142,000日元。關東地區包括東京，東京每個月的生活費為148,000日元。月平均比東北地區高50,000日元。

東京生活費高的原因有：房租高，交通費高。調查對象有住在學生宿舍的，也有自己租房子的。學生宿舍相對來說很便宜，而租房子須花的費用較多。若是在東京租房子，每個月須花費160,000日幣以上。


到日本前可以申請的獎學金有日本政府的獎學金。須在申請人所在國的日本大使館申請。另外還有一些民間團體的獎學金可在前往日本前申請，但並不多。以下的網址以PDF形式可連結到獎學金目錄：http://www2.jasso.go.jp/study_j/scholarships.html

到日本前可申請的獎學金中，申請人數最多的是日本學生支援機構獎學金、私費外國人留學生學習獎勵費。這項獎學金的授予對象是準備教育課程、專門學校、日語別科、短期大學、大學學部的在籍留學生7450人，授予每人每個月52,000日元，總長１年。除此之外，私費外國人留學生學習獎勵費以研究生、碩士、博士課程的在籍3550名留學生為對象，授予每人每個月73,000日元，總長１年。取得留學資格［就學］的留學生也有機會申請這項獎學金。總名額為250人，每人每個月52,000日元的學習獎勵費，總長１年。

學習獎勵費的支付期間為4月到隔年的3月。申請人的國籍不受限制，但須得到學校的推薦。

除了日本學生支援機構獎學金之外，地方自治體、國際交流團體、民間團體等約有300個團體提供留學生獎學金。也有學校獎學金可申請，金額每個月4000～200,000日元不等。

各個獎學金都有它的申請條件，並非每個留學生都能申請。地方自治體的獎學金一般只允許自治體在住留學生報名。除此之外，申請條件對國籍、科系或是在留資格也有所規定。欲申請者可在這依照科系、學校名稱、學校所在地或申請人住址來檢索符合申請條件的獎學金。